Trọng trách chính trị của truyền thừa Sakya bắt đầu từ những năm đầu thế kỷ 13. Vào năm 1240 người cháu nội của Thành Cát Tư Hãn là Hoàng tử Godan đã ra lệnh cho quân đội tấn công xứ Tạng. Khi đang tiến hành chiến dịch này, vị hoàng tử đã mong muốn tìm cầu sự hướng đạo của một Đạo sư Phật giáo trứ danh. Một số vị tướng của ông đã gửi thông tin rằng có ba Lạt-ma trứ danh tại xứ Tạng.
Thượng sư của tự viên Drikhung là những bậc có nhiều bảo vật nhất; Thượng sư của tự viện Taklung hòa hợp nhất; và các Thượng sư tự viện Sakya có năng lực tâm linh nhất. Hoàng tử Godan sau đó đã gửi thư thỉnh mời và phẩm vật cúng dường lên bậc Thượng sư Kunga Gyaltsen, thỉnh cầu ngài tới nơi chốn của mình.
Đạo sư Kunga Gyaltsen (1182-1251) được tôn kính là Sakya Pandita bởi sự thông tuệ về ngôn ngữ Sanskrit, đã chấp nhận lời thỉnh mời này. Ngài rời Sakya vào năm 1244 tới khu vực Kokonor, nơi Hoàng tử Godan cắm trại. Đạo sư Sakya Pandita đã đưa cùng ngài trên hành trình hai người cháu là Phagpa Lodro Gyaltsen lên mười tuổi và Drogon Chakna lên sáu tuổi. Các đại diện Mông Cổ của Godan đã hộ tống theo ngài trong suốt hành trình. Đạo sư Sakya Pandita đã truyền trao nhiều giáo pháp trên suốt hành trình tới khu vực Kokonor. Hành trình đòi hỏi một thời gian dài, bởi vậy ngài đã gửi cho hai người cháu đi trước tới Kokonor. Trước khi ngài tới khu vực cắm trại của Godan năm 1247, hai người cháu nhỏ tuổi của ngài cũng đã cảm hóa rất nhiều người Mông Cổ tại đây. Theo các sử liệu Tây Tạng, Đạo sư Sakya Pandita đã gặp Hoàng tử Godan tại Lan-chow, thủ phủ Kansu.
Đạo sư Sakya Pandita đã truyền trao Phật pháp cho Godan và trong một lần ngài đã thuyết phục ông từ bỏ ý định dìm chết rất nhiều Trung Quốc dưới những dòng sông. Godan có ý định này bởi vì lo ngại số lượng người Trung Quốc đông khi ấy luôn luôn đe dọa quyền lực của ông. Đạo sư Sakya Pandita đã dạy rằng, việc làm đó trái với giáo pháp của đức Thế tôn. Đạo sư Sakya Pandita ở lại nơi cư trú của Godan trong vài năm, trong thời gian này ngài truyền trao rất nhiều giáo pháp, khai thị cho Godan và các vị tướng của ông. Ngài chính là bậc đã đặt nền tảng cho Phật giáo nơi đây phát triển rực rỡ trong nhiều thế kỷ. Để tri ân giáo pháp mà Đạo sư truyền trao, Hoàng tử Godan đã thỉnh cầu Đạo sư đảm nhận trọng trách chính trị thế tục toàn bộ 13 vùng của trung tâm Tây Tạng. Ông đã gửi một trước tác của mình tới người Tạng, có tựa đề “Thub-pai Gòn-sal,” có nghĩa là “Tâm nguyện của Đức Phật.” Biết rằng mình không thể thọ hơn được, ông đã gửi trước tác này như món quà Pháp cho xứ Tạng.
Năm 1251, đạo sư Sakya Pandita đã viên tịch ở tuổi 70. Hoàng tử Godan qua đời sớm sau đó và hoàng tử Hốt Tất Liệt (Kublai) tiếp ngôi, ông được biết đến là Sechen của người Tạng. Năm 1253, Hốt Tất Liệt đã thỉnh mời đạo sư Chogyal Phagpa mười chín tuổi đến hoàn cung của mình và ông đã vô cùng kính sợ trước sở học uyên bác của vị thánh tăng trẻ tuổi, ngài đã hiển bày trí tuệ siêu việt trước các câu hỏi khó. Hốt Tất Liệt sau đó đã thỉnh cầu ngài truyền trao những khai thị tâm linh nhưng vị thánh tăng trẻ tuổi đã dạy rằng, trước khi ông có thể thụ nhận giáo pháp tâm linh như vậy, ông cần phải đỉnh lễ trước ngài, bậc đạo sư tâm linh của ông trong bất kỳ lần gặp gỡ nào và bảo tòa của ngài phải ở phía trên, cao hơn ngai vàng của hoàng đế. Hốt Tất Liệt trả lời rằng ông chưa thể làm công khai như vậy được trước người dân hay ở nơi công cộng, vì có thể sẽ đánh mất địa vị và quyền lực của mình. Một số nguồn tư liệu khác viết rằng, Hốt Tất Liệt đã đồng ý đặt ngai vàng của mình thấp hơn bảo tòa của bậc Đạo sư khi ông thụ nhận giáo pháp từ ngài và đặt ngang bằng nhau khi ông giải quyết công việc triều đình.
Theo truyền thống, Thượng sư Phagpa đã truyền trao quán đỉnh và luận giảng giáo pháp cho Hốt Tất Liệt và hai mươi lăm vị quan của ông trong ba lần. Sau lần đầu tiên, Hốt Tất Liệt đã thỉnh cầu và cúng dường ngài đảm nhận trọng trách bậc lãnh đạo tâm linh và thế tục 13 địa hạt (Trikhor Chusum) trung tâm Tây Tạng. Sau lần thứ hai, Hốt Tất Liệt đã cúng dường ngài xá lợi của Đức Phật và thỉnh cầu ngài đảm nhận trọng trách bậc lãnh đạo tâm linh và thế tục toàn bộ ba khu vực Tây Tạng (chol-ska-sum). Khi Hốt Tất Liệt trở thành Khan vào năm 1260, sau lần nhận quán đỉnh và giáo pháp lần thứ ba, ông đã cúng dường đạo sư Phagpa danh xưng “bậc vua Pháp”. Trong cùng năm, ông đã thỉnh cầu đạo sư Phagpa cử hành và chủ trì nghi thức cho buổi lễ đăng quang của mình. Lịch sử ghi lại rằng, mối quan hệ giữa bậc thượng sư với người đệ tử, giữa thượng sư với người bảo trợ là các Khan Mông Cổ được ví như “mặt trời và mặt trăng trên bầu trời.”
Năm 1265 Đạo sư Phagpa trở về Tây Tạng lần đầu tiên. Tại trung tâm tự viện truyền thống Sakya ngài đã được cung đón nồng nhiệt và được tôn kính trọng thị bởi các trưởng tộc Tây Tạng. Đạo sư Chogyal Phagpa đã thiết lập một hệ thống chính quyền quản lý tập trung ở Tây Tạng. Một chức danh là quan Thượng thư (“Ponchen), có trọng trách quản lý chung toàn bộ công việc chính quyền. Dưới chức danh này là 13 tộc trưởng (Tripons), những vị quan trực tiếp quản lý địa hạt riêng của mình. Theo quy định, quan thượng thư sẽ được bổ nhiệm bởi chính đạo sư Phagpa và được đặt danh hiệu là Ponchen Shakya Sangpo. Theo phương thức này ngài Chogyal Phagpa đã hợp nhất toàn bộ xứ Tạng dưới sự điều hành của chính quyền trung ương.
Nhận lời thỉnh mời của Hốt Tất Liệt, năm 1268 đạo sư Chogyal Phagpa trở lại hoàng cung Khan tại Mông Cổ. Với sự thông tuệ của mình, ngài đã gửi cho Khan một bộ chữ viết mới mà ngài đã soạn cho người Mông Cổ. Hốt Tất Liệt đã vô cùng hoan hỷ và hệ thống chữ viết mới được biết đến là “Phagpa Script” đã được chính thức được đưa vào sử dụng. Khan đã đỉnh lễ cúng dường đạo sư Phagpa tôn xưng “Pháp Tử các Bản tôn Ấn Độ”, “Pháp chủ tôn quý của Đất Trời”, “Bậc Sáng tạo chữ viết”, “Sứ giả của hòa bình trên toàn thế giới”, và “Bậc Sở hữu Ngũ Minh”. Thượng sư Phagpa viên tịch tại Sakya năm 1280. Chogyal Phakpa là bậc đạo sư đầu tiên trong lịch sử Tây Tạng đảm nhận trọng trách bậc lãnh đạo cả về tâm linh và thế tục. Người em của ngài là đạo sư Chakna sau đó đã tiếp tục đảm nhận trọng trách này, tiếp đến thế hệ các lãnh đạo của truyền thừa đảm nhận trọng trách lãnh đạo Tây Tạng trong hơn một trăm năm.
Vào năm bậc Thượng sư Phagpa viên tịch, Hốt Tất Liệt cuối cùng đã chinh phục toàn cõi Trung Quốc, và đã lên ngôi hoàng đế của Trung Quốc. Đạo sư Dharmapala, Pháp tử của ngài Drogon Chakna được tôn xưng và nắm giữ trọng trách “Tishri” vào năm 1282. Đạo sư Tishri Kunga Lodro Gyaltsen (1299-1327) đã kiến lập bốn Hoàng cung (pho Brang): Zhithog, Rinchen Gang, Lhakhang, và Ducho, trong số đó ngày nay chỉ còn hai hoàng cung vẫn còn tồn tại.
Thế kỷ thứ mười lăm, hoàng cung Ducho được chia thành hai là (1) Dolma Phodrang và (2) Phuntsok Phodrang. Bậc lãnh đạo hai hoàng cung này là ngài Sakya Trizin.
Năm 1287, ngài đã tới xứ Tạng nhưng đã viên tịch trong hành trình dài. Năm 1295 Hốt Tất Liệt qua đời. Trong suốt thời gian của đạo sư Sakya Pandita và thế hệ các đạo sư sau đó, chính quyền Tây Tạng được đặt dưới sự quản lý của người Tạng. Các mối quan hệ giữa nhà cầm quyền Mông Cổ và các bậc Thượng sư Tây Tạng không nên được nhìn, xem xét ở phương diện chính trị thế tục. Tư duy và suy xét một cách sâu sắc vào thái độ, sự trân quý của các Khan tới các bậc đạo sư của mình như Chogyal Phagpa, chúng ta thấy, ông đã thành tâm thỉnh cầu, cúng dường các ngài đảm nhận trọng trách bậc lãnh đạo tâm linh và thế tục tại xứ Tạng. Mối quan hệ giữa Bậc Thầy-Đệ tử, người bảo trợ được thiết lập giữa các bậc thầy Tạng và người Mông cổ dựa vào sự trân quý, thực tâm thực hành giáo pháp vì lợi ích chúng sinh.
Sau khi Hốt Tất Liệt qua đời năm 1295, quyền lực của người Mông Cổ bắt đầu suy giảm tại Trung Quốc. Năm 1305 Đạo sư Dagnyi Zangpo Pal đảm nhận trọng trách bậc lãnh đạo tâm linh truyền thống Sakya trong mười ba năm. Hệ thống quản lý đất nước dưới sự điều hành bởi các Ponchen và Tripons (quan thượng thư và hạt chủ) được tiếp tục trong thời gian này. Khi trong giai đoạn chính quyền dưới sự điều hành của Thượng sư Ponchen Gawa Zangpo và Sonam Gyaltsen, trọng trách chính trị của truyền thống Sakya bắt đầu suy yếu. Hầu hết các bậc Thượng sư truyền thống Sakya các đời kế tiếp đều tập trung nhiều hơn vào trọng trách tâm linh và để lại trọng trách nhiều hơn cho các đời quan Thượng thư.
